С 1 января 2008 года изменилась организационная структура ООО «ЛУКОЙЛ-Пермнефтепродукт». Пермский филиал предприятия, управлявший нефтебазами и АЗС ООО «ЛУКОЙЛ-Пермнефтепродукт» в Пермском крае, вошел в состав центрального аппарата управления.
В настоящее время ООО «ЛУКОЙЛ-Пермнефтепродукт» состоит из центрального аппарата управления, в составе которого 7 нефтебаз и 113 АЗС на территории Перми и Пермского края, кировского филиала (4 нефтебазы и 41 АЗС в Кирове и Кировской области), свердловского филиала (3 нефтебазы и 55 АЗС в Екатеринбурге и Свердловской области), а также филиала «Магистральный нефтепродуктопровод «Пермь-Андреевка» протяженностью более 365 км, с пропускной мощностью 2,4 миллиона тонн нефтепродуктов в год.